公文交换系统是用于实现快部门、组织之间的电子公文发送、传输、接收、处理、打印等操作的安全公文交换平台。
就公文交换的需要来看，公文交换系统要包括公文导入、公文签发、公文签收、联合发文、公文查阅、公文处理、公文打印、公文导出、系统集成接口等业务功能；公文加密、电子签章、数字签名、身份认证公文锁定与解锁等安全体系；以及用户管理、权限控制、功能控制、操作统计监控、公文跟踪等系统管理功能。公文交换系统功能结构图：
由上图可知，公文交换系统可以分为四大管理模块：公文交换、系统集成接口、系统维护、日志管理。系统维护和日志管理是基础性功能；公文交换是基本业功能务，完成远程公文交换；由于考虑到其他应用系统的信息传输需要，所以预留了标准的数据接口，实现与其他办公系统和信息化管理系统的对接，实现多样化信息的交换。
此外，在公文交换的每一个环节和每一各功能模块的操作中，都要保证公文的安全性，这是公文交换系统开发与设计最为重要的部分，只有保证公文交换的安全性，它才真正具备实现协同办公的价值。
公文交换系统以办公信息化、自动化、集成化、协同化为目标，实现无纸化的公文交换，提高看公文与信息的流转效率，从而提高的办公效率。
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