MES制造执行系统软件的开发设计是一个比较复杂的工作，从系统的规划、分析、实施直至运行，中间的各个环节必须结合实际的生产制造企业的需求来进行。尽管MES系统软件开发的大体框架相同，但是由于行业制造生产的差异性，为了使MES系统实现最大的效益，系统建设必须基于生产制造的整个过程，严格按照系统工程的方法和步骤实施。MES系统软件生命周期一般分为以下几个阶段。
总体设计阶段，总体设计是在“总体方案”所确定的前提下，对现行生产制造系统进行全面的调研分析，提出为实现总体规划确定的系统功能所做的各种总体技术考虑和设计。
总体设计的结果是“需求分析”，MES系统软件需求分析的内容包括计算机系统配置，应用软件的框架结构，各系统的功能模型、信息模型和全局信息模型，系统数据表、体系结构以及实施方案。
MES系统软件开发阶段，完成MES系统的设计开发、系统设置、单元测试，对业务流程和系统进行整合测试。设计人员对于开发系统界面、报表、数据转换等程度和相关接口，组织用户做好数据编码、数据准备、对系统培训环境进行核准，安装并创建测试环境，开发用户培训手册，修订实施阶段的切换计划等基础工作。
系统实施阶段，对计算机系统配置工作包括选型、购买、安装、调试等，成功完成集成测试，获得关键用户对系统和流程的正式批准，开展对最终用户的培训，完成原有系统向MES的完全转换。
工程验收阶段，各个系统上线运行后，经评价确认满足实际要求，整个MES项目即告竣工，这时必须对整个系统的建设进行总结，写出“工程总结报告”，并对项目进行验收。
当然，这仅仅是MES制造执行系统应用前期的设计周期工作，同时在软件设计的过程中，企业针对现有的生产问题可以通过MES系统解决方案进行解决，实现对生产过程的优化管控，减小企业的生产生本，实现企业的智能制造。
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